Στο Συμβούλιο της Επικράτειας προσέφυγαν η Πανελλήνια Ομοσπονδία Πολιτιστικών Συλλόγων Μακεδόνων και 13 Παμμακεδονικές Ενώσεις Απόδημων Μακεδόνων, με αίτηση ακύρωσης της Συμφωνίας των Πρεσπών, που υπογράφηκε στις 17 Ιουνίου μεταξύ των υπουργών Εξωτερικών της Ελλάδας και των Σκοπίων.
Με την αίτησή τους ζητούν να ακυρωθεί η Συμφωνία των Πρεσπών, επειδή παραβιάζει το άρθρο 27 του Συντάγματος, σύμφωνα με το οποίο, πριν την υπογραφή της συμφωνίας, απαιτείται προηγούμενη ψήφισή του από τη Βουλή, με αυξημένη μάλιστα πλειοψηφία, όπως επίσης παραβιάσθηκε η αρχή της λαϊκής κυριαρχίας, του άρθρου 1 παρ. 3 Σ, επειδή υπογράφηκε παρά την αντίθεση σύσσωμου του ελληνικού λαού στην οποιαδήποτε παραχώρηση ονόματος, χωρίς διεξαγωγή δημοψηφίσματος, αλλά παραβιάσθηκε και η αρχή της δεδηλωμένης για το θέμα της παραχώρησης του ονόματος της Μακεδονίας, όπως παραβιάστηκαν και άλλες συνταγματικές αρχές.
Μηνυτήρια αναφορά κατατέθηκε στο μεταξύ στην Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών από τον εν αποστρατεία πλωτάρχη του Πολεμικού Ναυτικού Παναγιώτη Σταμάτη κατά Κοτζιά Τσίπρα, κ.ά., με αφορμή τη συμφωνία των Πρεσπών.
Ο μηνυτής κατηγορεί τον υπουργό Εξωτερικών για τα αδικήματα των προπαρασκευαστικών πράξεων εσχάτης προδοσίας, της επιβουλής της ακεραιότητας της χώρας, της απιστία κατά την υπηρεσία και της παράβαση καθήκοντος.
Στον πρωθυπουργό αποδίδεται η ηθική αυτουργία στα αδικήματα που καταλογίζονται στον Νίκο Κοτζιά. Στη μήνυση αναφέρεται ότι η συμφωνία που υπογράφηκε από τον υπουργό Εξωτερικών, Νίκο Κοτζιά και τον ομόλογό του των Σκοπίων, Νικολά Ντιμιτρόφ παρουσία των Πρωθυπουργών Αλέξιου Τσίπρα και Ζόραν Ζάεφ, είναι επώδυνη, ταπεινωτική και κακή.
Σε άλλο σημείο της μήνυσης αναφέρεται πως η συμφωνία των Πρεσπών «απεμπολεί τα εθνικά δίκαια της χώρας, με διαδικασίες που δεν έχει προβλέψει κανείς, ενώ είναι μια συμφωνία που δίνει κρατική υπόσταση σε ένα εθνοκατασκεύασμα, η οποία υποκρύπτει μελλοντική απόπειρα αλυτρωτικών προθέσεων, που πλήττει τα οικονομικά συμφέροντα της Β. Ελλάδος, παρά την απόλυτη αντίθεση της πλειονότητας του Ελληνικού λαού, χωρίς εξουσιοδότηση από το υπουργικό συμβούλιο ή από τον Ελληνικό λαό (δημοψήφισμα), παραχωρώντας το όνομα «Βόρεια Μακεδονία».
Ετσι, οριοθετήθηκε ένας γεωγραφικός χώρος ο οποίος περιέχει την έννοια του «Μακεδονικού Έθνους», όχι με την Ελληνική ιστορική, πολιτιστική και εθνολογική έννοια αλλά με ακαθόριστη και ομιχλώδη «Βαλκανική» χροιά».