Με τρεις αποφάσεις του το Β' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας έκρινε ότι τα εισοδήματα της Εκκλησίας της Ελλάδος από την εκμίσθωση των αστικών ακινήτων της δεν απαλλάσσονται από τον φόρο εισοδήματος, και καλώς Εκκλησία της Ελλάδος κατέβαλε φόρο περίπου 2,9 εκατομμύρια ευρώ για τα επίμαχα ακίνητα κατά την τριετία 2011-2013.
Αναλυτικά, η Εκκλησία της Ελλάδος είχε προσφύγει στο Συμβούλιο τη Επικρατείας (ΣτΕ) και ζητούσε να ανακαλέσει μερικώς, λόγω πλάνης, ο προϊστάμενος της Α' ΔΟΥ Αθηνών τις δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος των ετών 2011-2013 (διαχειριστικά έτη 2010-2012), που την υποχρέωναν να καταβάλλει συνολικό φόρο ύψους περίπου 18 εκατ. ευρώ.
Επίσης, ζητούσε να αναγνωριστεί ότι το ακαθάριστο εισόδημα που δηλώθηκε από την εκμίσθωση των 164 αστικών ακινήτων της απαλλάσσεται από τον φόρο εισοδήματος και ότι για αυτόν τον λόγο πρέπει να τις επιστραφούν περίπου 2,9 εκατ. ευρώ (εισόδημα από τα επίμαχα ακίνητα) ως αχρεωστήτως καταβληθείς φόρος εισοδήματος.
Όμως, το ΣτΕ, με τις υπ' αριθμ. 1731-1733/2018 αποφάσεις του (πρόεδρος η αντιπρόεδρος Μαίρη Σαρπ και εισηγήτρια η σύμβουλος Επικρατείας Ευαγγελία Νίκα) απέρριψε τις αιτήσεις της Εκκλησίας της Ελλάδος και επικύρωσε αντίστοιχες αποφάσεις του Διοικητικού Εφετείου Αθηνών.
Το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο αποφάνθηκε ότι η απαλλαγή από τον φόρο που προβλεπόταν από το νομοθετικό διάταγμα 2185/1952 για τα νομικά πρόσωπα καταργήθηκε το 1971 με το νομοθετικό διάταγμα 1077/1971. «Έκτοτε η Εκκλησία της Ελλάδος ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου μη κερδοσκοπικού σκοπού, κατά τα άρθρα 99, 101 και 109 του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος υπόκειται σε φόρο εισοδήματος για τα εισοδήματα από τα παραχωρηθείσα σ' αυτήν δυνάμει της σύμβασης του 1952 αστικά ακίνητα (σ.σ.: συνολικά είναι 164 ακίνητα)» αναφέρει το ΣτΕ.
Επίσης, σημειώνει ότι οι ρυθμίσεις του άρθρου 12 του νόμου 3842/2010 για τη κατάργηση των φορολογικών απαλλαγών νομικών προσώπων κερδοσκοπικού ή μη χαρακτήρα δεν επέφερε αλλαγή στις ήδη υφιστάμενες υποχρεώσεις για τα συγκεκριμένα ακίνητα της Εκκλησίας της Ελλάδος.